In treatment S2 - In Treatment speelt zich af in de beladen, beperkte ruimte van individuele sessies psychotherapie met als centrale figuur Dr. Paul Weston (GABRIEL BYRNE). Hij is net gescheiden van zijn vrouw Kate en vanuit Maryland verhuisd naar een mooi huis in Brooklyn, New York. Paul bouwt zijn praktijk opnieuw op terwijl hij worstelt met een aantal van de boze geesten die hij heeft achtergelaten – waaronder een rechtszaak die is aangespannen door de vader van Alex, een patiënt die vorig jaar is overleden – en neemt een aantal nieuwe patiënten aan. Daarnaast pendelt hij elke vrijdag naar Maryland om zijn eigen sessies met Dr. Gina Toll (DIANNE WIEST) voort te zetten. Onder zijn nieuwe cliënten zijn een patiënt van vroeger (HOPE DAVIS) die nog wrok koestert tegen Paul vanwege hun sessies van 20 jaar geleden, een architectuurstud.